L'edificio fu costruito nel 1761 in stile neoclassico su un colle e sulle rovine di una chiesa del Cinquecento.

In quella che ora è la chiesa parrocchiale di Castiglione delle Stviere il 20 aprile 1568 fu battezzato Luigi Gonzaga, divenuto poi santo, e nel 1580 ricevette la prima comunione dalle mani del cardinale Carlo Borromeo.
Durante la battaglia di Solferino e San Martino del 24 giugno 1859 la chiesa venne adibita ad ospedale per la cura dei numerosissimi feriti. Casuale spettatore di tutto ciò fu il ginevrino Henry Dunant, che ne trasse ispirazione per fondare l’idea del soccorso neutrale, alla base del movimento di Croce Rossa Internazionale.
La chiesa è a croce latina, con tre navate e custodisce opere pittoriche di notevole pregio. In una cappella di destra è collocata la pala di “Santa Rosalia scende dal cielo tra gli appestati”, opera del pittore siciliano Pietro Novelli del 1630 circa.
Nella cappella di sinistra si trova invece il dipinto “Sposalizio di Santa Caterina” di Camillo Procaccini, del 1600 circa. La pala dell’altare maggiore con “I santi Nazario e Celso”, a cui la chiesa è dedicata, è attribuita al castiglionese Luigi Sigurtà (1777). Un altro pittore castiglionese, Franco Ferlenga, ha dipinto per il duomo nel 1989 la pala d’altare “Da colonna a colonna”.
Davanti all’altare maggiore è posta la lastra tombale di Marta Tana, madre di San Luigi
A fianco del duomo sorge la piccola Chiesa dei Disciplini, fondata da Aloisio Gonzaga, nonno del Santo, nella prima metà del Cinquecento, e cara alla storia dei Gonzaga di Castiglione. Il 3 marzo 1590 nella chiesa san Luigi tenne il sermone sull’Eucarestia.